R语言的bookdown包可以实现直接用markdown撰写，并最终实现latex排版。把生成的latex代码套用到期刊模板就可以实现latex撰写。
要点如下：
生成的(\LaTeX)代码在book目录，无法运行依赖内容，应该将(\LaTeX)代码放到project的根目录；
如果调用了图片，图片应该使用英文路径和英文名称；
最后将project中所依赖的图片文件放到(\LaTeX)的模板文件夹中，最好的办法是在bookdownplus的project下面提前建立一个和期刊(\LaTeX)模板一模一样的图片文件夹，采用markdown引用图片的时候，可以直接引用项目内部路径，然后再把这个文件夹整体替换到期刊(\LaTeX)模板文件夹里面；
最后一步就是对照(\LaTeX)模板，把bookdown生成的(\LaTeX)代码拷贝到(\LaTeX)模板对应的地方去
在使用TexLive的时候，要注意的(\LaTeX)编译器的选择，中文要用xelatex，英文要用pdflatex。
用Atom编辑器来写论文，可以实时预览和代码补全，更加直观和高效。
bookdownplus的用法首先安装R、Rstudio、TexLive，然后在Rstudio中安装bookdownplus包，具体的安装方法可以查看bookdownplus中文教程^bookdownloadplus中文教程和bookdownplus官方文档^bookdownplus官方文档
安装代码
1install.packages("bookdownplus")
获得一个模板
1library(bookdownplus)2template()#查看目前支持的模板3bookdownplus(template=paper_zh)#获得一个模板4bookdownplus(template=paper_zh,render=TRUE,more_output=get_output())5#生成全部支持的格式6bookdownplus(template=paper_zh,render=TRUE)#默认只生成PDF用Atom编辑器来写论文
用Atom编辑器来写论文，可以更加高效。
Atom编辑器的Markdown-preview-plus插件可以实现rmd文件的读取和预览如图\
ref(fig:Atomzhuanxiechuangkou)所示，这样就可以直接用Atom编辑器打开rmd文件，实现用markdown来撰写论文，并能够实时预览。Atom编辑器还有一个巨大的优势就是代码自动补齐，比如图片、表格文件的文件名和路径，都能够自动补齐。Atom编辑器撰写和预览窗口{#fig:Atomzhuanxiechuangkou}Markdown语法公式公式可以直接用latex代码。行内公式是单符号。
12x={-b\pm\sqrt{b^2-4ac}\over2a}3
输出结果如下
图片交叉引用![](){#fig:}表示插入图片并生成图片题注，其中![]()表示插入图片，{#fig:}表示插入题注
\
ref(fig:)表示在正文中交叉引用相应的题注代码例子如下
1{#fig:xieyihuizhongwenmuban}2#插入图片，并生成图片标签3\
ref(fig:xieyihuizhongwenmuban)#交叉引用引用该图片标签表格交叉引用表格的引用方式如下
1\
ref(tab:题注)#在正文中交叉引用题注2Table:(\#tab:题注)表格名称#制作表头3例如：4我要引用表\ref(tab:biaoge)5Table:(\#tab:biaoge)专利清单我要引用表\
ref(tab:biaoge)Table:(#tab:biaoge)专利清单
插入脚注的代码如下注释1[^标签]#正文引用处2[^标签]:注释内容#注释的内容项目符号
孙悟空
猪八戒
沙和尚
孙悟空
猪八戒
沙和尚
插入代码块插入不运行的代码块不用运行的代码块的格式如图\
ref(fig:buyunxingdedaimakuai)所示，在三个反引号的后面跟上需要高亮的编程语言类型，如Python/R.不运行的代码块格式{#fig:buyunxingdedaimakuai}生成的结果如下
1#以下为Python代码2
requires_authorization3defsomefunc(param1=,param2=0):4Adocstring5ifparam1param2:#interesting6printGreater7return(param2-param1+1)orNone8classSomeClass:9pass10message=interpreter11...prompt1#以下为R代码2library(bookdownplus)3bookdownplus(template=paper_zh,render=TRUE,more_output=get_output())4#生成全部支持的格式5bookdownplus(template=paper_zh,render=TRUE)#默认只生成PDF运行的代码块
需要运行的代码块的格式如图\
ref(fig:yunxingdedaimakuai)所示,在三个反斜杠的后面跟上一对大括号，然后声明要运行的语言，以及是否显示这个代码块、是否现实运行的结果等。相关的功能可以参考RMarkdown使用方法笔记[RMarkdown][RMarkdown]:RMarkdown使用方法笔记: