（一）是自己提交的论文本身存在目录设置不规范、脚注非自动插入、参考文献格式错误等问题，这是自身论文本身这几部分存在较多的不规范之处，才会导致这几个地方出现重复字数；
（二）是自己选择的论文查重系统非正规或者是假冒的论文查重系统。在这样的情况下就是学生选择的论文查重系统本身存在问题，而非学生论文的问题。
二、硕士论文参考文献需要查重的时候
一般论文的参考文献都是不需要查重，但是如果你论文的索引的字数达不到要求以及你们学校的规定需要查重的，那你也要做好修改的准备了。预防以上情况出现的，你可以做好预防，做好以下准备：
（一）论文的索引的字数不要太多，最好不要大段大段的引用，而且事先看自己学校的规定，有的学校查重的时候只看抄袭率，但是有时你引用自己的也算抄袭。
（二）有的学校查重的时候会看你引文的出处，如果有出处，那么就不算了。所以最为关键的还是要看学校会“怎么办”。
三、可以检测出来的参考文献？
1、包含“参考文献”或“references”或“bibliography”可以加中英文冒号：:的文本段记为参考文献开始。(中文间可以有空格，英文不区分大小写)。
2、参考文献前面不要加任何信息，比如“3.参考文献”这样就识别不出来，“参考文献”四个字独立一行，除了后面可以加入冒号外不要加入任何信息
3、如有以下文本段中的一种情况出现时，可被记为参考文献内容。
(1)开头是[*]。例如[1]、[a]
(2)开头是。例如
(3)开头是阿拉伯数字、或阿拉伯数字.。例如1、或1.
(4)包含年份。例如
(5)包含网址//。
4、当接下来的文本段中连续两行都没有2中的情况，提取参考文献停止。已记录的内容为参考文献内容。
5、可以编写多个参考文献。