SCI期刊中发表的文章种类多样，诸如：综述、纯理论性的结果、新的仪器与方法、病案报告、以及实验研究成果。所以写作的格式与方法也不完全相同，本文只限于讨论实验研究成果一类的科研论文，对于其他专业的人员，仅供参考。
当审稿人收到杂志社送来的稿件时，首先看到的是稿件的打字和排版。这就相当于你去面试时，人家先注意你的容貌和着装。所以，在写文章时，首先要了解一下想要投稿的杂志在稿件格式方面的规定和要求，千万不要别出心裁另搞一套。
先从论文的序言(Introduction)部分说起。在序言中应该包括以下四方面内容：
1)你所研究的问题的领域和简明轭要的背景知识
2)概述在这个领域前人的工作
3)你在本工作中想要研究的问题
4)以及你得到的主要结果
作为审稿者，首先看你是否熟悉文献前人做过的工作，其次看你是怎样从已有的工作中发现你的研究问题(researchquestion)。
通常的情况是，你发现以前的文献中有相互矛盾的地方、以前的工作中有遗漏的因素、过去研究方法上的缺陷、或现在研究手段的攺进和提升等等，这些都会是合乎逻辑的说法。在序言的最后部分，应概述你在本文工作中得出的主要结果，会使人有兴趣继续读完你的文章。
论文的第二部分，通常用“方法”(Methods)作标题。
这一部分应包括如下方面的内容：1)实验设计，2)实验对象或材料，3)数据采集方法，4)统计方法。作者必须记住的一点是，你所报告的实验结果必须能被其他任何一个实验室重复，这样你的工作才有价值。所以在论文的这一部分你应提供详尽的资料，以便他人可以验证你报告的结果。有时候可能不是作者想隐瞒什么，而是文字表达的功力不够。
论文的第三部分是“结果”(Results)。
如果在一篇论文的“前言”中谈到本工作所要研究的问题时，提出过你的研究假设的话，那么在这个“结果”部分便可以与这些假设对应起来，告诉读者你的实验结果如何。
记得这一部分是以“数据”说话，不要搀和自已对实验结果的理解，以及这个结果的意义等等这可以留在下一部分“讨论”中去表达。为了把研究结果表达清楚，往往需要籍助表格或图形。这两者各有优势，采用哪一种，要视具体想表达的内容而定，目的是用最简洁的方法把研究结果讲清楚。这方面要注意的一点是，在文字、表格、和图形中所表达的内容不要相互重复。对于新手，往往会将同样一个结果，画了图，还作成表格，还要写一大段文字重复图、表中的数据，这就显得多余了。
在“结果”以后，便是“讨论”(Discussion)部分，有时也用“结论”(Conclusion)作标题。
在这一部分，应包括如下内容：在本工作中你得到什么结果?这些结果说明什么问题?本文的结果与前人的结果有何不同?你的工作有何不足之处及局限性?在这部分的最后一段中，应该总结性地叙述你的主要发现，并且指出进一步的研究方向。
审稿者除了看你是否有新的结果，更注意的是你对于自已的工作成果的讨论，是否站在一个客观的立场?有没有将你的研究结果放到一个恰当的位置上。多数的初级人员往往会夸大自已的结果，举个例子来说，当他的实验发现某一个因变量(dependentvariable)与一个自变量(independentvariable)高度相关后，他会下结论说，本工作发现了此自变量是这个因变量发生变化的原因。
在正文之后，还有一个重要的部分，就是“参考文献”。
每家刊物对于如何在文章中引用参考文献及在最后如何列出这些文献的格式都有不同的规定，最好是仔细阅读它们的规定，还有一个实用的办法是找最近几期的你想投稿的刊物，看看在已经刊出的文章中是如何处理所引用的参考文献的。这里特别要注意，引用一篇论文与引用某本书，在“参考文献”内的表达上有很大的区别的。
最后是SCI论文的标题与摘要。(年轻学者也建议先写摘要)在文章写完后，写摘要便比较容易，所以这里便不再多讲。文章的标题比较重要，我建议大部分情况下，是在整篇文章写就以后再确定标题。确定标题的关键一点是要给读者提供关于本工作的具体特点与信息，避免空洞的内容。我在刚刚起步写科研文章时，往往会把标题取为：关于XXX的研究(AstudyonXXX)，这种泛泛的标题显然除了你的工作属于哪个领域以外，没有告诉读者任何信息。
一篇SCI论文写完后，除了作者本人要再三酙酌，最好请与你相近的同事或同行帮助阅读一下并提出疑问及修改建议。这种学术上的相互帮助也体现一个科研单位的学术风气。在论文投寄到杂志以后，经过审稿，如果不是退稿不录用，多数情形下会收到修改的意见。这是一个好兆头，只要你根据所附的意见逐点修改你的原稿，基本上下一次便可以被录用了。
总之，SCI论文的发表不仅是总结你取得的科研经验及成果，不仅体现在你的写作准备，也是你为下一步更好的进行科研工作的一种提升与准备。